Los probióticos han sido usados por siglos como componentes naturales en alimentos que han demostrado mejorar la salud. El primer dato obtenido sobre el papel benéfico de ciertas bacterias fue por el científico ruso Eli Metchnikoff, que a principios del siglo 20 sugirió que sería posible modificar la flora intestinal y remplazar los microorganismos dañinos por otros que fueran útiles. Metchnikoff postuló que el proceso de envejecimiento resultaba de la actividad de microorganismos proteolíticos (putrefactores) los cuales producían sustancias tóxicas que dañaban el tejido vivo. Las bacterias proteolíticas como clostridia (que son parte de la flora normal del intestino) producen sustancias tóxicas incluyendo fenoles, índoles y amonio de la degradación de proteínas. De acuerdo con Metchnikoff estos compuestos eran responsables de lo que él llamaba “auto-intoxicación intestinal”, la cual causaba daños físicos asociados con la edad adulta. Mitchnikoff también observó que en poblaciones rurales de ciertas partes de Europa, como por ejemplo Bulgaria y algunas partes de Rusia tenían una vida considerablemente larga y su alimentación se basaba principalmente en leche fermentada por bacterias ácido-lácticas. Basado en estos hechos, Metchnikoff propuso que el consumo de la leche fermentada llenaría el intestino con estas bacterias ácido-lácticas inofensivas y de esta manera el pH de intestino descendería y así el crecimiento de las bacterias proteolíticas sería evitado.
Henry Tissier fue el primero en aislar a Bifidobacterium, el cual es encontrado como flora normal en el intestino y ayuda en la digestión, además de estar asociado con una menor incidencia de alergias y prevenir algunas formas de crecimiento tumoral. Tissier aisló esta bacteria de un bebé que aún era alimentado con leche materna y la nombró como Bacillus bifidus communis. Ésta fue renombrada posteriormente como Bifidobacterium bifidum. El científico mostró que las bifidobacterias forman una gran parte de la flora normal de los niños que están siendo amamantados y recomendó que dicha bacteria fuera administrada a infantes que padecieran de diarrea.
En 1917 el científico alemán Alfred Nissle aisló por primera vez una cepa de Escherichia coli de heces fecales de un soldado de la primera guerra mundial. En 1920, Rettger demostró que lo dicho por Metchnikoff no era verdad, ya que las bacterias encontradas en los productos que él proponía no podían sobrevivir en el intestino.
El término probiótico fue usado por primera vez en 1953 por Kollath. En 1989 Roy Fuller sugirió la primera definición de probiótico, la cual estipulaba que un probiótico es todo aquel suplemento alimenticio que contenga microorganismos los cuales produzcan efectos benéficos para el huésped animal, mejorando su función intestinal”.
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